Po sezonie 2019/2020 z drużyną pożegnali się Hubert Mazur, AJ Walton, Adam Kemp, Kris Clyburn, Jaren Sina, Michał Nowakowsk, Mateusz Zębski oraz Marcel Afeltowicz. Apetyt rośnie w miarę jedzenia i Enea Astoria jako pierwsza zbudowała skład na sezon 2020/2021. Do sztabu szkoleniowego dołączył Marek Popiołek (wcześniej asystent trenera Roberta Witki w HydroTrucku Radom oraz manager reprezentacji Polski). W składzie na sezon 2020/2021 klub zakontraktował: Jakuba Nizioła (poprzednio Legia Warszawa), Corey'a Sandersa, Tomislava Gabricia oraz Markusa Lončara. Po pierwszych czterech kolejkach, Enea Astoria zdecydowanie grała poniżej swoich oczekiwań, a klub ściągnął do siebie Litwina Pauliusa Dambrauskasa (poprzedni sezon w BMSlam Stali Ostrów Wielkopolski). Od tego momentu zespół prowadzony przez Artura Gronka zaczął wygrywać i widać było znaczącą poprawę gry. Sezon 2020/2021 okazał się pechowy dla zawodników - kontuzji więzadeł w kolanie doznał Łukasz Frąckiewicz (w jego miejsce sprowadzony z Anwilu Włocławek został Adrian Bogucki), Michał Aleksandrowicz uszkodził chrząstkę i musiał przedwcześnie zakończył sezon, Tomislav Gabrić zmagał się ze złamanym palcem ręki rzucającej, Markus Lončar wypadł na 8 tygodni po kontuzji pleców, która wymagała operacji. Na ostatnie 10 spotkań w sezonie zasadnicznym do Bydgoszczy ściągnięty został Zane Waterman (wcześniej BK Ostrava). Drugi sezon w najwyższej klasie rozgrywkowej przyniósł Enea Astorii Bydgoszcz ponownie 11. miejsce (bilans 12 zwycięstw i 18 porażek).
W II lidze Enea Astoria Bydgoszcz zajęła 9. miejsce co jest znaczącym postępem w stosunku do poprzedniego sezonu, gdzie drużyna zajęła ostatnie miejsce nie odnosząc żadnego zwycięstwa.
W rozgrywanych w tym sezonie Mistrzostwach Polski do lat 19, Enea Astoria Bydgoszcz zakończyła zmagania w półfinałach rozgrywanych w Gdańsku.